アメリカ・カナダ大学連合日本研究センターは、日本学の研究で著名な北米の大学の教授陣により構成される代表委員会が管理、運営しており、加盟大学の一つであるスタンフォード大学国際研究センターに属する米国側事務局と横浜の事務局で実務を行っている。
アメリカ・カナダ大学連合日本研究センター代表委員会（年度） |
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横浜の日本研究センターは所長、専任教員と非常勤教員、及び事務職員で構成される。
アメリカ・カナダ大学連合日本研究センター教職員 |
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| 所長： | ブルース・L・バートン |
| 専任教員： | 青木惣一（副所長） 秋澤委太郎（言語課程主任） 佐藤つかさ（教務主任） 伊藤拓人 大橋真貴子 加藤陽子 佐藤有理 千田昭予 橋本佳子 結城佐織 |
| 事務職員： | 田中純子（オフィスマネージャー） 釼持智子（総務／経理） 久保彰子（学生係） |
アメリカ・カナダ大学連合日本研究センターは、固定資産を有せず、施設・備品等については横浜市から提供を受けている。また、運営費はによって賄われている。学生に対しては、が支給されている。