アメリカ・カナダ大学連合日本研究センターは、日本学の研究で著名な北米の14大学の教授陣により構成される代表委員会が管理、運営しており、加盟大学の一つであるスタンフォード大学国際研究センターに属する米国側事務局と横浜の事務局で実務を行っている。
アメリカ・カナダ大学連合日本研究センター代表委員会（2011-12年度） |
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| Haruo Shirane | コロンビア大学 |
| Wesley Jacobsen | ハーバード大学 |
| Edith Sarra | インディアナ大学 |
| Mari Noda | オハイオ州立大学 |
| Seiichi Makino | プリンストン大学 |
| Indra Levy | スタンフォード大学（専務理事） |
| Yoko Hasegawa | カリフォルニア大学 バークレー校 |
| Seiji Lippit | カリフォルニア大学 ロサンゼルス校 |
| James Ketelaar | シカゴ大学 |
| Petrice Flowers | ハワイ大学 |
| Poshek Fu | イリノイ大学 アーバナシャンペイン校 |
| Elizabeth Oyler | イリノイ大学 アーバナシャンペイン校 |
| Jonathan Zwicker | ミシガン大学 |
| Marie Anchordoguy | ワシントン大学 |
| Aaron Gerow | エール大学 |
横浜の日本研究センターは所長、専任教員と非常勤教員、及び事務職員で構成される。
アメリカ・カナダ大学連合日本研究センター教職員
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| 所長： | ジェームズ・C・バクスター |
| 専任教員： | 青木惣一（副所長） 秋澤委太郎 河野玉姫 串田紀代美 松本隆（言語課程主任） 大橋真貴子 大竹弘子（教務主任） 佐藤有理 佐藤つかさ |
| 事務職員： | 古尾谷三重子 田中純子 吉田千絵子 |
アメリカ・カナダ大学連合日本研究センターは、固定資産を有せず、施設・備品等については横浜市から提供を受けている。また、運営費は授業料と加盟大学からの拠出、教科書の販売収入及び、日米友好基金、米国教育省からの助成金によって賄われている。学生に対しては、国際交流基金、CWAJ、尚友倶楽部、東京倶楽部、日米協会、三菱UFJ国際財団、米国伊藤財団、サトウ財団、クレッサント財団、ファウラー奨学金、米国教育省及び加盟する各大学より奨学金が支給されている。