1950年代後半頃から急速に隆盛を迎えた北米の日本研究において、基礎的素養たる日本語の習得は必然とされていたが、その当時現地での日本語教育には限度があり、研究の発展に支障をきたす状態にあった。
1961年、日本研究の側面援助としてスタンフォード大学が東京に日本語研修を主目的とする「スタンフォード大学日本研究センター」を開設し、東京大学、慶応義塾大学、早稲田大学、日本女子大学の協力によって運営が行われることとなった。折しも米国では、現地での日本語習得にまつわる困難を克服して日本語教育の効果をあげるため、日本研究を目指す学生を多く抱える大学が互いに協力し、日本語集中教育のための機関を日本に作ろうという要望が高まっていた。各大学で基礎的な日本語教育を受け上級へ進む段階の学生を日本へ送り、将来の研究活動に必要な高度な日本語力を日本において十分に習得させるとともに、北米学生の日本語能力水準を引き上げることがその目的であった。
このような経緯のもと、スタンフォード大学日本研究センターを前身とし、米国ならびにカナダの十の大学の提携、連合により設立されたアメリカ・カナダ大学連合日本研究センターは、設立以来、独創的な教育方法と教材開発で日本語教育の発展に寄与するとともに、世界各国からの入学者を受け入れ、日本研究、日本専門家の養成に多大の効果をあげている。
| 1961年 | 財団法人和敬塾（東京都文京区）内にスタンフォード大学日本研究センター開校 |
| 1963年 | 国際基督教大学（東京都三鷹市）に移転 日本研究の伝統と業績を持つアメリカ、カナダの10大学により代表委員会 (Inter-University Committee) が発足され、「アメリカ・カナダ十大学連合日本研究センター」を設立 |
| 1967年 | 日本農業研究所ビル（東京都千代田区紀尾井町）へ移転 |
| 1987年 | 横浜市の誘致により港陽ビル（横浜市中区桜木町）へ移転 名称から加盟大学の数を外し「アメリカ・カナダ大学連合日本研究センター」とする |
| 1991年 | パシフィコ横浜5階（横浜市西区みなとみらい）へ移転 |
| 1998年 | 横浜における教育・学術交流の増進を図ることを目的に横浜市立大学と協力に関する覚書を締結 |
受 賞
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| 1982年 | 日本語教育を通じ日本と北米諸国との相互理解に顕著な業績を上げたとして国際交流基金より『国際交流奨励賞』を受賞 |
| 1999年 | 横浜の文化向上に貢献したとして1999年度『ヨコハマ遊大賞』を受賞 |
| 2000年 | 横浜市の教育行政に貢献したとして所長ケネス・D・バトラーが『横浜文化賞』を受賞 |
| 2001年 | 所長ケネス・D・バトラーへ横浜市立大学より名誉博士号が授与される |
歴代所長
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ジョン・D・ゴヒーン（1961）、カート・スタイナー（1962）、トーマス・C・スミス（1962〜1963） ロバート・ブラワー（1963〜1964）、ロイ・ミラー（1964〜1965）、 エバレット・クライアンツ（1965〜1967） ケネス・D・バトラー（1967〜1977）、デルマー・M・ブラウン（1977〜1987） ウィリアム・タイラー（1987〜1989）、レオン・ゾルブラッド（1989〜1990）、ジョン・ハウゼ（1990〜1991） ブルース・バートン（1991〜1995）、ケネス・D・バトラー（再任1995〜2001） エリック・ラトレッジ（2001〜2003）、ケネス・D・バトラー（再任2003〜2008） 青木惣一（所長代行2008〜09）、ジェームズ・C・バクスター（2009〜） |